"Réveillez-vous. J'ai besoin de vous." C'est avec ces quelques mots prononcés par Cortana que débute véritablement l'aventure d'Halo 4. Nous sommes le 21 juillet 2557, quatre ans, sept mois, et dix jours après la fin d'Halo 3. Après quatre ans de sommeil forcé sur un Forward Unto Dawn à la dérive, Master Chief est sorti de son sommeil par sa fidèle alliée. Une activité suspecte autour du vaisseau inquiète en effet Cortana. Après une brève confrontation avec un groupe de Covenants, Master Chief se trouve happé par une planète Forerunner.

C'est à son réveil sur cette dernière que le Major se rend compte que Cortana souffre de frénésie, défaillance dont souffrent les intelligences artificielles "en fin de vie." Convaincu que le Docteur Halsey, la créatrice de Cortana, pourra réparer sa complice, Master Chief décide de chercher un moyen de retourner sur Terre. Alors que le héros et Cortana traversent la mystérieuse planète, cette dernière capte un signal indéchiffrable. Peu de temps après, ils vont découvrir qu'ils se trouvent sur une planète appelée Requiem et que le signal reçu venait du vaisseau Infinity de l'UNSC.

Master Chief, ce rebelle

Le vaisseau humain risquant de subir le même sort que celui du Forward Unto Dawn, Master Chief tente de contacter le vaisseau pour lui conseiller de se maintenir à distance de Requiem. Mais sa tentative échoue et l'Infinity s'écrase sur la planète Forerunner. Mais là n'est pas la seule conséquence de cette manoeuvre. En tentant de contacter le vaisseau de l'UNSC, Master Chief libère le Didacte, un héros légendaire pour les Prométhéens Forerunners et certains Covenants dont le but est de détruire l'humanité, qu'il perçoit comme un fléau. Alors qu'il tente de venir en aide à l'Infinity et à ses occupants, pris d'assauts par des troupes du Didacte, Master Chief fait la connaissance des commandants Lasky et Palmer, ainsi que d'un groupe de Spartans IV. Une fois sur l'Infinity où il parvient à repousser les attaques ennemies et à faire fuire le Didacte, Master Chief découvre que selon le capitaine de l'Infinity, Andrew Del Rio, il est plus important de fuir Requiem que de poursuivre le Didacte. C'est le début des désaccords entre Master Chief et le commandement de l'UNSC.

Au cours d'une expédition pendant laquelle John-117 doit se rendre seul sur une structure Forerunner, le héros fait la connaissance de la Bibliothécaire. Cette dernière le met en garde au sujet des plans du Didacte et de l'arme qu'il compte utiliser pour se débarrasser de l'humanité : le Recomposeur. C'est une fois qu'il est de retour auprès de ses alliés de l'UNSC, que les choses se gâtent à nouveau entre Master Chief et le capitaine Del Rio. Ce dernier refuse à nouveau de suivre les mises en garde du Major au sujet du Didacte. Il refuse en effet de croire ce qu'il estime être les hallucinations d'un Spartan vieillissant et d'une intelligence artificielle défaillante. Alors qu'il ordonne à Master Chief de lui remettre la puce d'une Cortana en pleine crise de frénésie, le Spartan désobéit aux ordres et décide de partir à la poursuite du Didacte.

Ce n'est qu'un au revoir Cortana ?

S'en suit alors un jeu de chat et souris entre Master Chief (accompagné d'une Cortana de plus en plus défectueuse) et le Didacte qui cherche à mettre la main sur le Recomposeur à bord de son vaisseau le Mantle's Approach. Après avoir tué l'intégralité du personnel d'une base humaine et récupéré le Recomposeur qui s'y trouvait, le Didacte se rapproche dangereusement de la Terre. Monté seul à bord du Recomposeur, Master Chief se trouve confronté au Didacte. Dépassé par ce dernier, le héros fait face à une mort certaine lorsqu'il est sauvé par Cortana. Une fois le Didacte mis hors d'état de nuire, l'intelligence artificielle décide de faire ses adieux à son partenaire de longue date qui ne peut plus rien faire pour tenter de la sauver. Laissé à la dérive dans les débris du Mantle's Approach, Master Chief est repéré par un vaisseau de l'UNSC. De retour sur l'Infinity ce dernier est accueilli en héros. Même si la menace est temporairement écartée, une scène post générique laisse entendre que le conflit entre les humains et les Forerunners ne fait que commencer.