Ce court épisode fait directement suite aux aventures relatées dans Birth by Sleep.

Après s'être sacrifiée pour sauver Terra, Aqua erre sans but dans le Domaine des Ténèbres. Elle débouche finalement sur un Palais des Rêves (du film Cendrillon) rongé par les ténèbres. Progressant parmi les rouages du monde en ruines, elle croit reconnaître la silhouette de Terra, qui disparaît aussitôt, de la même façon que celle de Ventus par la suite lorsqu'elle parcout le monde de la Forêt des Nains (Blanche-Neige et les Sept Nains). Aqua se retrouve finalement enfermée dans le Monde intérieur en traversant le miroir de la Reine ; en résolvant certaines énigmes, elle parvient à s'en échapper.

C'est désormais le Domaine Enchanté (La Belle au Bois Dormant) qui se présente à elle. Aqua se lance à la poursuite des ombres de Terra et de Ventus en se débarrassant des nombreux Sans-coeurs qui l'assaillent. Elle rattrape finalement les silhouettes de ses amis mais découvre que ce ne sont que des projections de son propre esprit. Terra-Xehanort apparaît alors et tandis que l'illusion de Terra tente de l'entraver, Aqua et l'illusion de Ventus se font happés par un portail qui s'est ouvert derrière eux.

Alors qu'elle dérive dans les ténèbres, Aqua est secourue par Mickey, qui la guide jusqu'à la terre ferme. Le roi lui apprend qu'elle erre dans le Domaine des Ténèbres depuis dix ans et que de son côté, il cherche la Keyblade qui lui permettra de verrouiller le Kingdom Hearts afin d'empêcher les ténèbres de s'échapper vers le Domaine de la Lumière. Aqua et Mickey parviennent jusqu'à l'Ile du Destin, alors sous la forme rencontrée par Sora dans la Fin du Monde. Ils y découvrent la Keyblade des ténèbres. Mickey explique que pour verrouiller la porte du Kingdom Hearts, il lui faudra de l'aide des deux côtés.

Ils trouvent finalement la porte du Kingdom Hearts et aperçoivent Riku et Sora qui tentent de la fermer chacun de leur côté (on comprend alors que ces évènements se déroulent très exactement durant la fin du premier Kingdom Hearts). Hélas, Aqua, qui tentait de protéger un Riku inconscient de se qui se trame derrière lui, se fait aspirer par une nuée de Sans-coeurs qui l'attire au-dehors sur la plage. Tandis qu'elle se jette à corps perdu sur ses ennemis, Mickey, aidé de Riku de son côté et de Sora de l'autre, verrouillent la porte du Kingdom Hearts. Quant à Aqua, elle se retrouve seule, emportée de nouveau par les ténèbres.

Ainsi Mickey conclut-il le récit de sa dernière rencontre avec Aqua, révélant par là-même son existence à Kairi et Riku. Ce dernier, alors devenu Maître de la Keyblade, accompagnera Mickey afin de secourir Aqua. Quant à Kairi, elle devra selon Yen Sid suivre un entraînement pour devenir elle-même Maître de la Keyblade ; entraînement qui se fera en compagnie d'un certain Lea...

Ayant échoué à l'examen du Symbole de Maîtrise, Sora doit désormais trouver un moyen de réveiller et de rassembler les Gardiens de la Lumière. Pour ce faire, il est nécessaire qu'il récupère ses pouvoirs et surtout qu'il acquiert celui de l'éveil, indispensable à sa mission. Ayant connaissance d'un héros ayant retrouvé ses pouvoirs après les avoir perdus, Yen Sid les dirige sur la piste d'Hercule. Se fiant à son coeur pour retrouver le monde du Colisée de l'Olympe, Sora se lance dans une nouvelle aventure à bord de son vaisseau Gummi, toujours accompagné de ses protecteurs et amis Donald et Dingo.