Les évènements relatés ici font suite à l'épisode Kingdom Hearts II.

Suite à l'apparition dans son journal d'un message énigmatique qu'il n'a pourtant jamais écrit ("Leurs tourments s'apaiseront lorsque vous reviendrez"), Jiminy Cricket, qui accompagne Sora depuis le début de ses aventures, demande l'assistance du roi Mickey qui décide alors de créer une version numérique des souvenirs de Sora à partir du journal. Toutefois, des bugs commencent à faire surface. Le roi conçoit alors un Sora digitalisé chargé de détruire les bugs dans les différents mondes virtuels recréés.

A la grande surprise de Mickey, alors qu'il était à la poursuite d'un homme encapuchonné dans les mondes virtuels, le Sora digitalisé apparaît devant lui. L'inconnu se manifeste à son tour et se révèle être un Riku digitalisé créé pour protéger les souvenirs du journal. Il est également à l'origine du message mystérieux. Nous comprenons alors que Mickey, Donald et Dingo ont eux-même été téléchargés à l'intérieur du cybermonde et que tant que le Sora digitalisé n'aura pas éliminé tous les bugs, ils ne pourront pas retourner dans le monde réel.

Au cours de ses pérégrinations dans les mondes virtuels, Sora croise la route des véritables Pat et Maléfique, qui ont infiltré le cybermonde pour s'en emparer. La sorcière détruit la Keyblade de Sora puis, après l'intervention du Riku digital, capture ce dernier. Ils se rendent alors à la Forteresse Oubliée afin d'arracher Riku aux mains de ses ravisseurs. Sora récupère à cette occasion son aptitude à invoquer sa Keyblade mais retrouve un Riku submergé de bugs. L'unique moyen de le sauver étant de pénétrer dans ses données pour l'en débarrasser. Une fois cette tâche accomplie, le Sora digitalisé revient auprès de ses amis Mickey, Donald et Dingo, qui peuvent alors retourner dans le monde réel.

Hélas, les ennuis ne sont pas terminés. De nouveaux bugs, plus puissants encore, font leur apparition et ils ne peuvent pas verrouiller le journal tant que Pat et Maléfique, qui viennent du monde réel, sont encore à l'intérieur. Une fois ces deux-là secourus, ils retournent tous dans le monde réel, hormis les Sora et Riku digitalisés. Mickey procède alors à une restauration du journal, ce qui a pour conséquence d'effacer chez le faux Sora le souvenir de tous ces évènements.

Mickey apprend qu'il exitste un moyen de comprendre le message mystérieux inscrit dans le journal, mais cela implique pour lui de faire de nouveau connaissance avec Sora et l'inciter à parcourir le nouveau monde virtuel qui est apparu : le Manoir Oblivion. Le Sora digitalisé traverse alors les souvenirs du réel Sora, se confrontant notamment à un être encapuchonné, issu des donnés du vrai Roxas. On comprend finalement que tous les bugs ainsi que le message mystérieux sont le fait de Naminé, après qu'elle a trafiqué les souvenirs du vrai Sora au cours des évènements du Manoir Oblivion.

Naminé leur explique que ces souvenirs sont connectés à ceux d'autres êtres, gravés au plus profond du coeur de Sora : Roxas, Axel, Naminé, Xion, mais également Terra, Ventus et Aqua. Ce n'est que grâce à l'action de Sora que la souffrance de toutes ces personnes pourra s'apaiser : telle est la signification du message de Naminé. Mickey s'engage à en avertir Sora.

Sur l'Île du Destin, Sora, Riku et Kairi reçoivent ainsi un message du roi : une nouvelle aventure attend Sora.