Après s'être débarrassés d'Ansem, Sora, Donald et Dingo se retrouvent dans un monde vallonné traversé par un unique sentier. Pluto surgit alors de nulle part, une missive du roi Mickey dans la gueule. Ils décident de le suivre et finissent par déboucher sur un lieu lugubre dominé par un château aux tours sinistres, le Manoir Oblivion. Dès qu'ils y pénètrent, un homme encapuchonné (déjà croisé par Sora sur le sentier) vient à leur rencontre. Quand les trois compagnons constatent qu'ils ont perdu leurs capacités et leur magie, l'inconnu déclare : Dans ce lieu, trouver, c'est perdre, et perdre, c'est trouver. Tel est le Manoir Oblivion.

L'homme, de son vrai nom Marluxia, leur explique que les souvenirs de Sora sont contenus dans des cartes leur permettant entre autres de visiter des mondes déjà traversés. Ce n'est que par ce biais qu'il pourra progresser et franchir les paliers du manoir... et ainsi rejoindre "ceux qui lui manquent". Comprenant que l'inconnu fait référence à Riku, Sora n'a d'autre choix que de se plier aux règles du manoir pour le retrouver.

En visitant le premier monde, la Ville de Traverse, Sora se rend compte qu'Aerith, Léon et les autres ne semblent pas se souvenir de lui, si ce n'est de son nom. De retour au manoir, il affronte un autre individu encapuchonné, aux cheveux de feu : un certain Axel, qui s'attaque à lui avant de lui remettre d'autres cartes permettant de rejoindre plus de mondes.

Au fil de leur progression, les souvenirs de Sora et de ses amis semblent s'estomper peu à peu. Dans le même temps, le garçon se remémore la présence d'une autre fille que Kairi sur son île, jamais mentionnée auparavant, mais il ne parvient pas à se souvenir de son nom. Arrivé au sixième palier du manoir, c'est cette fois-ci Larxene qui lui fait face et qui lui révèle que la "nouvelle amie" de Sora est retenue captive au dernier étage du manoir. Grâce aux provocations de Larxene, Sora parvient à se souvenir de son nom : Naminé.

Aux paliers suivants, Sora croise la route de Riku, qui lui reproche de l'avoir oublié et lui défend de s'approcher de Naminé, qu'il serait le seul à pouvoir protéger. Malgré ses supplications, Sora est contraint d'affronter une nouvelle fois son ami d'enfance. Dans l'ombre, Axel, Larxene, Marluxia et Vexen, qui cherchent à trahir leur supérieur afin de prendre le pouvoir sur la mystérieuse Organisation dont ils font partie, se servent en réalité de Naminé qui a le pouvoir d'altérer les souvenirs de Sora et ainsi de le mener à elle. A la Cité du Crépuscule, monde qu'il n'avait pourtant jamais visité auparavant, Sora affronte cette fois Vexen , qui périt finalement par les flammes d'Axel.

Sora se retrouve par la suite sur l'Île du Destin, où il retrouve enfin Naminé. Celle-ci lui révèle sa vraie nature, à savoir qu'elle n'a jamais existé dans ses souvenirs. Sora se mesure une dernière fois à Riku, avant que Larxene ne lui confesse qu'il ne s'agissait que d'une réplique créée par feu Vexen à partir des souvenirs du véritable Riku. Larxene est défaite par Sora, qui se charge ensuite d'Axel, qui s'enfuit, puis qui élimine le véritable fomenteur du complot contre l'Organisation, Marluxia.

Au dernier étage du manoir, Naminé propose à Sora de restaurer l'intégralité de ses souvenirs, mais en contrepartie, il devra oublier tout ce qu'il a vécu dans le Manoir Oblivion, y compris l'existence de Naminé. Il accepte, en promettant toutefois à cette dernière de ne jamais l'oublier. Sora entre alors en état de stase pour une année afin de recouvrer sa mémoire.

En parallèle au périple de Sora, le véritable Riku arpente également les paliers (inférieurs en ce qui lui concerne) du Manoir Oblivion afin de retrouver ses amis. Alors que Riku avait rejeté le pouvoir des ténèbres, Ansem réapparait et l'enjoint à s'y abandonner de nouveau. Il est finalement sauvé par le roi Mickey.

Au cours de sa progression, Riku doit lutter pour ne pas succomber aux ténèbres. Il affronte ainsi Maléfique, mais également d'autres membres de l'Organisation comme Vexen, qui se sert de cette rencontre pour collecter des informations nécessaires à la création de sa réplique, Néo-Riku. Deux autres membres font surface : Lexaeus, vite éliminé par Riku, puis Zexion qui tente de manipuler ce dernier, mais qui sera finalement vaincu par Neo-Riku. Celui-ci cherche par la suite à vaincre son modèle afin de devenir le seul et unique Riku.

Riku fait la rencontre de Naminé mais refuse sa proposition visant à oublier les souvenirs d'Ansem pour ne pas se laisser happer par les ténèbres. Par la suite, un individu du nom de DiZ, qui avoue surveiller Riku depuis le début, lui remet un manteau de l'Organisation afin qu'il puisse être invisible à leurs yeux. Riku se débarrase une bonne fois pour toute d'Ansem, encore incertain quant à la présence de ténèbres dans son coeur, puis rejoint DiZ et le roi Mickey, lui aussi désormais muni d'un manteau de l'Organisation.