Les évènements relatés ici se déroulent dix ans avant ceux du premier Kingdom Hearts.

Dans la Contrée du Départ, trois amis, Ventus, Aqua et Terra s'entraînent auprès de Maître Eraqus afin de devenir Maîtres de la Keyblade. A l'issue d'une épreuve (dite "examen du Symbole de Maîtrise") opposant Aqua à Terra, et à laquelle assiste un certain Maître Xehanort, c'est la première qui est jugée apte à devenir maître au détriment du second. En effet, celui-ci s'avère trop susceptible de se laisser gagner par les ténèbres. Terra doit accepter la décision mais est néanmoins approché par Xehanort qui l'invite, au contraire de son maître, à ne pas refouler les ténèbres dans son coeur. Vanitas, qui accompagne Xehanort, interpelle par ailleurs Ventus et le provoque délibérément.

Eraqus apprend par Yen Sid qu'une nouvelle menace met en péril les mondes à travers la prolifération de Nescients, créatures matérialisant les émotions négatives. Le maître somme alors Terra et Aqua d'enquêter sur ce péril. Mais alors que Terra se met en chemin, Ventus, contre les ordres de son maître et encouragé par les mots de Vanitas, se lance à sa poursuite. La mission d'Aqua est alors de retrouver Ventus et de s'assurer que les ténèbres ne s'emparent pas du coeur de Terra.

Nos trois comparses visitent alors à tour de rôle plusieurs mondes, sans jamais se croiser, mais en constatant les actions des uns et des autres. C'est ainsi qu'ils rencontrent (et viennent en aide parfois à) Cendrillon, Blanche-Neige ou encore Aurore (du film La Belle au Bois Dormant). Plus ils progressent, plus Aqua et Ventus se mettent à douter des agissements de Terra. Sur les entrechemins qui séparent les mondes, Ventus est interpellé par Vanitas et décide de le suivre jusque dans un monde dévasté, les Terres Funestes. Tous deux s'affrontent et Ventus n'est sauvé que par l'intervention de Mickey, avec qui il se lie alors d'amitié.

Les trois guerriers de la Keyblade se retrouvent finalement au Jardin Radieux, où une violente dispute éclate : Terra reproche à Aqua de les surveiller et part de son côté, furieux. Victime d'une manigance de Xehanort pour gagner sa confiance, Terra sauve celui-ci des griffes d'un certain Braig (Xigbar, du nom de son simili) et se met à son service. Aqua de son côté croise la route d'une toute jeune Kairi, qui se révèle être originaire du Jardin Radieux avec sa grand-mère. Ventus quant à lui rencontre plusieurs futurs disciples d'Ansem (dont les simili deviendront membres de l'Organisation XIII) : Isa (Saïx), Even (Vexen), Dilan (Xaldin) ou encore Lea (Axel).

La poursuite entre les trois amis continue à travers les mondes de Disneyville, du Colisée de l'Olympe (Hercule) ou encore du Pays Imaginaire (Peter Pan). Terra et Aqua se rendent à tour de rôle sur l'Île du Destin. Le premier rencontre les jeunes Sora et Riku et lui transmet le pouvoir de la Keyblade. Aqua quant à elle, consciente que Riku a été choisi par Terra, demande à Sora de veiller sur Riku si jamais les ténèbres ne commencent à le consumer. De son côté, Ventus vient à la rescousse du roi Mickey, retrouvé inconscient sur les Terres Funestes. Xehanort apparaît alors et lui indique que le but de son existence est d'affronter Vanitas afin de créer la puissante X-blade et déclencher ainsi une nouvelle Guerre des Keyblades.

Ventus se rend alors dans la Contrée du Départ pour confronter son maître. Celui-ci s'attaque alors à son ex-apprenti, conscient du danger qu'il représente. Voyant que son ami est en danger, et manipulé par Xehanort, Terra intervient, permet à Ventus de s'enfuir et terrasse Maître Eraqus. C'est finalement le vieil ami de ce dernier, Xehanort, qui lui porte le coup fatal avant de disparaître. Sur l'Île du Destin, Ventus apprend de Vanitas son véritable passé : il était l'élève de Xehanort mais étant trop faible pour devenir sa nouvelle enveloppe charnelle, il décida d'en extraire le coeur, ce qui résulta en la création de Vanitas, sa moitié (on apprend plus tard que suite à cette opération, le coeur de Ventus s'est réfugié dans celui d'un nouveau né, Sora, ce qui lui a permis d'être sauvé puis recueilli par Xehanort, avant d'être confié à Eraqus). De son côté, Aqua apprend la nouvelle de la mort de son maître.

Tous convergent alors vers la Nécropole des Keyblades, où les attendent Xehanort et Vanitas. Une fois les amis de nouveau réunis, Terra avoue avoir été manipulé par Xehanort et Ventus dévoile les véritables plans de ce dernier, à savoir se servir de lui et de Vanitas pour forger la X-blade. Tous trois se lancent alors à l'assaut de Xehanort et de Vanitas. Dans l'affrontement, Ventus se retrouve hors d'état de nuire, piégé dans de la glace. Terra quant à lui déchaîne les ténèbres qui l'habitent, ce qui permet à Xehanort de quitter son enveloppe charnelle afin de s'emparer de celle de Terra. L'esprit de ce dernier lutte contre cette dépossession et finit par vaincre Xehanort.

Réussissant à se libérer de sa prison de glace, Ventus vient en aide à Aqua dans son combat contre Vanitas. Vaincu, il dévoile son vrai visage : il ressemble comme deux gouttes d'eau à Sora (dû au fait que Ventus s'est réfugié dans le coeur de ce dernier) et se trouve être à l'origine de tous les Nescients. Vanitas fusionne finalement avec le garçon, résultant en la création de la X-blade. Aidée de Mickey, Aqua affronte son ami possédé et finit par détruire la X-blade ainsi que le coeur de Ventus/Vanitas. En s'entretenant avec Yen Sid, Aqua apprend que Ventus ne pourra certainement plus s'éveiller ; elle emmène alors son ami à la Contrée du Départ puis transforme les lieux afin qu'ils prennent la forme que l'on connaîtra sous le nom de Manoir Oblivion.

Au Jardin Radieux, Aqua retrouve la trace de Terra, en proie à une lutte terrible contre les ténèbres de Xehanort en lui. Les deux amis s'affrontent et dans un geste désespéré pour se débarrasser de l'emprise de Xehanort, Terra retourne sa propre Keyblade contre lui. Il est sauvé in extremis par Aqua, qui plonge dans les ténèbres à sa place. C'est finalement un Xehanort inconscient qui est retrouvé par Ansem le Sage, qui en fera son assistant. Aqua quant à elle erre sans but dans le Domaine des Ténèbres. Quant à Ventus, son coeur en proie à la perdition dans les ténèbres réussit à trouver refuge dans le coeur d'un petit garçon qui l'avait déjà recueilli autrefois : Sora.