Septembre 2012, Abstergo Industries : Desmond Miles

Assassin's Creed II débute là où AC s'est arrêté. Lucy Stillman demande à Desmond de rentrer dans l'Animus pour assister, dans son souvenir, à la naissance d'un autre de ses ancêtres, Ezio Auditore. Lucy lui avoue ensuite qu'elle fait partie des assassins modernes et ils s'enfuient ensemble des laboratoires d'Abstergo. D'autres membres de la confrérie des assassins les attendent dans une planque, dans laquelle ils travaillent sur l'Animus 2.0, une version améliorée de la machine d'origine. Lucy veut faire de Desmond un assassin et propose de le former rapidement grâce à cet Animus nouvelle génération. Desmond s'y engouffre alors pour se synchroniser avec l'histoire d'un autre de ses ancêtres, Ezio Auditore da Firenze.

1476, Florence : Ezio Auditore da Firenze

Ezio est un séducteur italien dont la famille sera sauvagement assassinée. Lui, sa mère et sa soeur, seuls survivants du massacre, s'enfuient à Monteriggioni, une ville dominée par la villa des Auditore et qui est sous la protection de leur oncle Mario. Ce dernier explique à Ezio qu'il est un Assassin, tout comme son père Giovanni qui vient d'être éliminé par les Templiers. Ezio se lance alors dans une quête de vengeance étalée sur une vingtaine d'années, qui le mènera devant le responsable de la destruction de sa famille, Rodrigo Borgia, dit l'Espagnol, et Pape de l'époque (1499). Cet homme n'est autre que chef des Templiers et possède lui-même un fragment d'Eden, tout comme Ezio, en possession d'un Orbe qu'il aura récupéré durant son périple. Notre héros affronte Rodrigo sous la Chapelle Sixtine et le vainc, sans pour autant le tuer. Ezio trouve ensuite une salle à l'architecture futuriste cachée sous la chapelle et y rencontre un hologramme, celui de Minerve. Elle fait partie de ce que l'on appelle la "première civilisation", qui est à l'origine de l'apparition de l'Homme sur Terre. Minerve explique alors à Desmond, via Ezio, que les humains et sa race sont entrés en conflit, au point de ne pas être capables d'anticiper une catastrophe naturelle qui ravagea le monde. Elle précise ensuite que les survivants des deux races ont laissé derrière eux des artefacts pour prévenir les catastrophes futures (on pense évidemment aux prédictions de fin du monde le 21 décembre 2012), les fameux fragments d'Eden. Une fois que Minerve a délivré son message, elle disparait.

Septembre 2012, Repère des Assassins : Desmond Miles

Desmond s'éveille et lui et ses comparses doivent s'enfuir : les Templiers modernes les ont retrouvés. Notre barman semble désormais formé puisqu'il a assimilé très rapidement les talents de ses ancêtres, Altaïr et Ezio, grâce à l'Animus. Il est maintenant un véritable assassin capable de se défendre contre les Templiers, toujours en quête du contrôle absolu de l'humanité. Mais l'aventure ne se termine pas ici et nos assassins s'enfuient vers une autre planque pour continuer l'exploration de la vie des ancêtres de Desmond et afin de comprendre "la vérité"...

N.B : le sujet 16, celui qui a dessiné les symboles visibles dans la chambre de Desmond à la fin de Assassin's Creed, a disséminé des indices dans la mémoire génétique de Ezio afin que Desmond puisse comprendre "la vérité" : Il s'agit d'une vidéo/mémoire visible ci-dessous et qui relate le vol d'une pomme d'Eden par les humains (Adam et sans-doute... Eve) à l'époque où la première civilisation dominait le monde. Détail important : lorsque l'on voit la première pomme dans la forge (0:26 secondes), il semblerait que ce soit Minerve qui la tienne dans la paume de sa main. Eve, quant à elle, aurait donc une seconde pomme (0:34 secondes) en sa possession.