Le petit troupeau de bovins qui a vécu en liberté pendant près de 140 ans sur l'île Amsterdam, dans le sud de l'océan Indien, n'a probablement jamais rapetissé sous l'effet de son isolement. C'est la conclusion d'une étude publiée en 2024 dans la revue Molecular Biology and Evolution : ses auteurs affirment que leurs résultats contredisent les preuves avancées en faveur d'un nanisme insulaire chez ces animaux.

L'équipe, dirigée par Mathieu Gautier, chercheur à l'INRAE, en collaboration avec des collègues de l'université de Liège, a travaillé à partir de dix-huit échantillons prélevés sur des animaux en 1992 et 2006, avant la disparition du troupeau. Douze proviennent de la première campagne, six de la seconde.

Huit d'entre eux contenaient suffisamment d'ADN préservé pour un séquençage complet du génome, méthode qui permet de reconstituer l'ensemble de la variation génétique plutôt que de se limiter à quelques gènes isolés.

Cinq bêtes abandonnées en 1871, deux mille bovins un siècle plus tard

Tout commence le 18 janvier 1871. Un fermier venu de La Réunion, Heurtin, débarque sur l'île Amsterdam avec un projet de colonisation qui ne dure que quelques mois. En repartant, il laisse sur place cinq bovins : un taureau, deux vaches et deux veaux. Personne ne reviendra jamais les chercher, et l'île ne compte aucun prédateur capable de s'en nourrir.

Contre toute attente, ce noyau fondateur prospère. Le troupeau atteint environ 2 000 têtes dès 1952, un chiffre retrouvé dans les registres de 1988, malgré une épidémie supposée de paratuberculose qui l'avait fait chuter à près de 800 animaux en 1953. La reconstruction génétique confirme ce goulot d'étranglement démographique intense et bref, daté de la fin du XIXe siècle, suivi d'une croissance rapide.

Le coefficient de consanguinité de cette population avoisine 0,30, l'un des plus élevés jamais enregistrés chez un mammifère dont la population continue de prospérer. Pourtant, les génomes séquencés ne montrent qu'une réduction modérée de la diversité génétique, et les chercheurs n'ont trouvé aucune preuve solide que des variants génétiques fortement délétères aient été éliminés de la population au fil des générations.

Des ancêtres déjà petits, et non un rétrécissement sur l'île

Les huit génomes complets révèlent une ascendance mixte inattendue : environ 75 % du patrimoine génétique provient d'une source apparentée aux bovins taurins européens, la race Jersey figurant parmi les correspondances les plus proches, le reste étant lié au zébu de l'océan Indien, proche des bovins de Madagascar et de Mayotte.

Les huit animaux portent tous un haplogroupe mitochondrial retrouvé chez les bovins africains, ce qui laisse penser que ce croisement s'est produit avant même le transport des bêtes depuis La Réunion. Cette double ascendance a offert à une poignée de fondateurs bien plus de variation génétique que leur nombre ne le laissait supposer.

Cette donnée vient directement heurter une théorie installée depuis un article publié en 2017 dans Scientific Reports, fondé sur des mesures squelettiques prises sur 90 bovins adultes abattus à la fin des années 1980. Ce travail concluait que les animaux avaient rétréci jusqu'à environ les trois quarts de la taille de leurs ancêtres en un peu plus d'un siècle, présentant le troupeau comme une rare démonstration vivante de la règle insulaire, selon laquelle les grands mammifères rapetissent sur des terres isolées. Cette version s'est largement diffusée et reste encore celle que la plupart des récits reprennent.

L'étude de 2024 propose une autre lecture. Les valeurs de taille prédites à partir des variants génétiques des bovins séquencés se situent entre celles du zébu de Madagascar et celles de la race Jersey, nettement en dessous de celles de la Holstein, sans aucune trace d'une sélection naturelle qui aurait favorisé les variants associés à une petite taille.

Autrement dit, les animaux seraient arrivés déjà petits sur l'île, comme l'étaient les bovins réunionnais du XIXe siècle dont ils descendent, et seraient simplement restés ainsi.

La sélection génétique a en revanche laissé une trace ailleurs : la plupart des gènes candidats repérés par le balayage du génome concernent le fonctionnement du système nerveux, dont certains liés à l'axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien qui régule la réponse au stress.

Les chercheurs y voient un signal cohérent avec les changements comportementaux accompagnant le retour à l'état sauvage, tout en restant prudents sur l'ampleur du phénomène vu le nombre limité d'animaux séquencés. Des observations historiques citées dans l'étude décrivent d'ailleurs une structure sociale organisée, avec des groupes de femelles et de jeunes mâles distincts des groupes de mâles adultes, qui se mêlaient autour de la saison de reproduction.

Le troupeau n'existe plus depuis 2010, année où les derniers animaux ont été abattus dans le cadre d'un programme de préservation de l'albatros d'Amsterdam et de l'arbuste endémique Phylica arborea. Aucun échantillon biologique n'a été prélevé lors de cette éradication finale : seuls les dix-huit prélèvements de 1992 et 2006 ont permis de retracer, plus d'un siècle après, l'histoire génétique de ce troupeau né de cinq bêtes abandonnées sur une île volcanique sans jamais aucun habitant permanent.