Sorti en 1991, constituant véritablement le quatrième volet des aventures d'Indy, et pour la première fois en 256 couleurs ; Indiana Jones et le secret de l'Atlantide est un très grand jeu d'aventure Point&Click, dans la lignée des Monkey Island. Dans la pure tradition Lucasarts, le jeu est bourré d'humour, et commence directement par Indy cherchant une statue dans les étages du Barnett College. Il chute alors d'étage en étage durant le générique avec en fond sonore le thème international des Aventuriers. Nous retrouvons donc notre Indiana Jones qui continue à se prendre des coups en tout genre, le sort s'acharnant sur le héros (la statue se retrouvera systématiquement au dernier endroit que vous chercherez).

L'histoire se passe en 1938, soit après les deux premiers volets, mais avant le troisième ; Indy trouve une statue qui semble intéresser un certain Mr Smith, qui s'avère être en réalité un terrible Nazi. Dans la statue se trouve une perle bizarre qui est un condensé d'énergie pure : de L'orichalque. Cette énergie étant citée pour la première fois dans le Timée de Platon, puis dans le Critias, Indy fait le rapprochement avec la mystérieuse cité engloutie et décide d'aller chercher Sophia Haftgood, une experte en la matière.
Après quelques recherches en Islande, aux Açores et en Amérique du Sud - thèses de lieux où pouvant se trouver l'Atlantide -, nos deux protagonistes se mettent à la recherche du Dialogue Perdu de Platon. En effet, le Critias se finit ainsi : « Et là Zeus s'adressa à Poseidon et lui dit... » (Etant donné que Zeus allait révéler l'emplacement de l'Atlantide à ce moment-là, ça nous embête pas mal...).

Le jeu suit donc les différentes thèses de l'Atlantide : Afrique du Nord, Crète, Açores... et nous en apprenons beaucoup sur l'histoire Antique. Et pour les fans de l'aventurier, le final « faits surnaturels » fait encore partie de l'aventure, avec une machine aux pouvoirs très étranges.

Comme Indiana Jones ne croit pas aux mythes (malgré le fait que ses aventures ont prouvées le contraire), il décide cependant de trouver la civilisation perdue pour contrer les Nazis.

Après avoir découvert le Dialogue perdu de Platon (qui se trouvait dans les archives du Barnett College, soit là où on a commencé), Indy a le choix entre trois situations ; qui s'avère être trois façons différentes de continuer le jeu : Soit on fait équipe avec Sophia, soit on joue seul en résolvant des énigmes ou soit on choisi l'action. Ces trois choix nous font découvrir soit des lieux totalement différents (une île dans la mer Egée par exemple), soit des lieux communs mais sous des manières différentes. Faire équipe avec Sophia nous emmènera faire de la plongée sous-marine, choisir l'action nous fera une poursuite en voiture dans les rues de Monte Carlo... etc.

Ce sont donc plusieurs lieux en rapport avec la mythologie Grecque que nous pourrons visiter : Les ruines du Labyrinthe sous les ruines du palais de Cnossos (encore une référence aux aventures de Balthazar Picsou de Carl Barks), l'Egypte (qui était une province grecque du temps de Cléopatre IV, la plus connue) ou carrément l'Atlantide.

Nous découvrirons aussi un sous-marin Nazi, une base sous-marine ou un temple inca aux passages secrets Mystérieux ; et Indy utilisera plusieurs moyens de transports différents : Voiture, Montgolfière, side-car...

Dans la lignée du jeu Indiana Jones et la Dernière Croisade, il y a plusieurs combats dans l'aventure (surtout si vous choisissez l'action), combats qui peuvent être résolus de plusieurs manières différentes (ou en appuyant sur la touche « Inser » de votre clavier). L'inventaire sera très rapidement rempli, et les dialogues sont souvent savoureux.

Enfin les décors visités sont magnifiques, et la musique, composée par John Williams et aussi par Clint Bajakian (Outlaws), Michael Z. Land (Monkey Island) ou Peter McConnell (Grim Fandango) enrobe magnifiquement les prouesses de l'aventurier. Le thème de l'Atlantide ou le thème du Nazi resteront dans vos têtes pendant quelques temps.
Bien entendu, les références aux anciens jeux Lucasarts sont légions, le logo GoldenGuy du studio étant planqué dans le labyrinthe de Cnossos, le Bureau d'Indiana Jones ressemble étrangement à la boutique de l'île de Mélée de Monkey Island, et Sam Et Max apparaissent de nouveau dans le jeu.

Le jeu n'est pas très difficile, bien entendu on peut mourir, mais on ne reste pas bloqué très longtemps, la seule manière d'être bloqué est d'avoir raté une porte ou un objet. Il existe trois fins différentes dans ce jeu, celle où tout le monde survit étant la plus difficile à avoir ; néanmoins le baiser langoureux de Sophia vaut toutes les difficultés du monde.

On espérait que le jeu serait le scénario du quatrième film, mais finalement Georges à préférer faire Indiana Jones et les extraterrestres (ce qui est fortement dommageable !!!).