De quoi découvrir comment Sam Fisher et ses nouveaux amis vont se retrouver dans la panade, face à un compte-à-rebours de cibles stratégiques américaines, la "Black List", frappées par un groupe de terroristes se faisant appeler les "Ingénieurs".

Désormais à la tête d'Echelon Four, après la dissolution d'Echelon Three et 6 mois après les événements de Splinter Cell : Conviction, Fisher devra bien entendu stopper ces terroristes le plus rapidement possible, en tranchant des gorges, en flinguant des gens en silence et en s'infiltrant en territoire ennemi à grands renforts de grimpette et d'utilisation des ombres. Sam Fisher style, quoi !