Sujet à controverse, la dénomination Wii U serait selon le magazine en ligne C&VG en débat au sein de l'état-major de Nintendo. En cause, l'effet d'image dont a pâtit la 3DS lors de sa présentation à l'E3 qui a provoqué beaucoup de confusion dans l'esprit des visiteurs. La campagne publicitaire destinée à promouvoir la nouvelle portable de Nintendo a imposé au constructeur d'apposer l'avertissement suivant : "ce n'est pas une DS. C'est la Nintendo 3DS." Les détaillants avaient emboîté le pas au géant japonais. Se plaignant de la forte similitude des boîtiers, de leur propre chef ils ont amélioré la signalétique des jeux 3DS afin de les distinguer du packaging des jeux DS.
Echaudé par ce qui apparaît volontiers comme de l'amateurisme des méthodes marketing de Nintendo, le président Iwata avait dit avoir appris des enseignements du lancement précipité de la 3DS. Mais cette zone d'ombre entre les dénominations de la Wii et la Wii U suscite la vigilance des analystes et scepticisme des professionnels du secteur compte tenu des incertitudes liées l'absence de communication de la part de Nintendo. Le fabricant doit se montrer plus pédagogue à un an du lancement de sa console de salon qui veut réinventer complètement l'expérience interactive, quelque soit sa dénomination commerciale.