999 se déroule en 2028. Junpei, étudiant Japonais, est kidnappé alors qu'il rentre chez lui. Il se réveille dans la cabine d'un bateau, en plein naufrage. L'intérieur est luxueux, façon début du XXe siècle.
Rapidement, il rencontre huit autres personnages. Ensemble, il doivent participer au Nonary Game. Dans le bateau se situent neuf portes : huit d'entre elles abritent des puzzles, la dernière, numérotée neuf, est le seul échappatoire. Pas de temps à perdre : si dans neuf heures, ils ne sont pas sortis du bateau, le bracelet déclenchera l'explosion d'une bombe dissimulée à l'intérieur de leur corps.
Pour y arriver, ils doivent tout d'abord trouver la porte. Cette dernière est bien cachée, et ne sera accessible qu'après avoir résolu de nombreuses énigmes. Pour passer une porte numérotée, il faut trouver son résidu. Quoi qu'est-ce ? C'est simple, il s'agit simplement de l'addition continuelle, chiffre à chiffre, de plusieurs nombres, jusqu'à trouver un entier situé entre 1 et 9.
Ainsi, 6 + 5 + 3 auront pour résidu 5.
Les participants ne respectent pas cette règle, et traversent les portes qu'ils souhaitent ? Ils meurent.